L’ente è retto da un Consiglio di amministrazione composto dal Presidente e da sette membri. La nomina dei membri del Consiglio è riservata rispettivamente: al Prefetto di Ferrara, al Presidente della Provincia di Ferrara, al Presidente della Camera di Commercio di Ferrara, al Rettore della Università degli Studi di Ferrara, al Dirigente dell'Ufficio Scolastico Provinciale di Ferrara, all'Ordine dei dottori Agronomi e dottori Forestali di Ferrara ed uno di concerto fra l'Associazione Laureati in Scienze Agrarie della Provincia di Ferrara, il Collegio dei Periti Agrari e Periti Agrari Laureati di Ferrara e il Collegio degli Agrotecnici e Agrotecnici Laureati di Ferrara, tra persone competenti e qualificate.

Elenco degli Amministratori e delle Presidenze dall’istituzione dell’organizzazione ad oggi:

 Il Consiglio delibera a maggioranza dei voti dei presenti. In caso di parità di voti il voto del Presidente vale doppio. I Consiglieri non potranno detenere la carica per più di due mandati triennali consecutivi. Su invito, alle sedute del consiglio di amministrazione, potrà partecipare il Dirigente Scolastico dell'Istituto di Stato per l'Agricoltura "F.lli Navarra", senza diritto di voto. Il Presidente dura in carica tre anni ed è nominato, contestualmente al Consiglio, dall' UFFICIO SCOLASTICO REGIONALE DELL'EMILIA ROMAGNA tra cittadini esperti in problemi di economia agricola, formazione e ricerca agroindustriale ferrarese in possesso della qualifica di imprenditore agricolo ai sensi dell'art 2135 del Codice Civile e che abbiano conseguito laurea in scienze e tecnologie agrarie o altra equiparata, oppure in possesso di diploma quinquennale presso gli Istituti Agrari. Il Presidente rappresenta la Fondazione, anche in giudizio, convoca il Consiglio di amministrazione, attende all'esecuzione delle deliberazioni di esso, provvede al buon andamento dell'Ente ed adotta, nei casi di urgenza, i provvedimenti reclamati dalla necessità, salvo riferirne al Consiglio in adunanza da convocarsi in breve termine.

Il periodo che va dall'apertura del testamento fino alla nomina ufficiale del primo Presidente dell'Ente negli anni '50, la Fondazione era gestita da "Amministratori dell'eredità dei Navarra". L'esecutore testamentario, nonché amico carissimo di Severino Navarra, il "C.te Idelfonso Scroffa" è stato uno dei primi amministratori dell'eredità. Nel 1951 il Ministero della Pubblica Istruzione nomina il Dott. Mario Dotti, Commissario Ministeriale della Fondazione e, successivamente nel 1952, gli affida l'incarico di Presidente dell'Ente. Nei quasi cento anni di storia, diversi amministratori e presidenti hanno contribuito a fare della Fondazione un importante punto di riferimento dell’istruzione agraria del nord-est.